حامیان اصلی و حزبی خاتمی در سازمان مجاهدین (انقلاب)، حزب مشارکت و مجمع روحانیون با وجود صدور بیانیه رسمی انصراف وی به نفع موسوی، از ابراز حمایت نسبت به موسوی امتناع کردند. بسیاری از فعالان این جریان ها به ویژه در مشارکت و مجاهدین چند سال پیش به هنگام ریاست خاتمی هم شعار عبور از وی سر داده بودند.
در این زمینه محسن آرمین سخنگوی سازمان مجاهدین گفت: انصراف آقای خاتمی را باید رخدادی ناگوار و نامطلوب تلقی کرد که بی شک آثار آن محدود به انتخابات و حوزه سیاست نخواهد ماند. سازمان تأسف عمیق خود را از انصراف آقای خاتمی اعلام می دارد.
وی که سازمانش شعار «یا خاتمی یا هیچ کس» را چند ماه پیش سر داده بود، با ابراز ناخرسندی تلویحی از نامزدی موسوی گفت: انتظار عمومی از کاندیداهای اصلاح طلب و مستقل آن بود که با درک شرایط حساس کنونی، حضور خود در انتخابات را به گونه ای مدیریت می کردند که بیشترین منفعت را برای کشور و جامعه تضمین می کرد.
آرمین با ابراز تأسف مجدد از انصراف خاتمی، نسبت به حمایت از موسوی امتناع کرد و صرفاً گفت: سازمان در حال بررسی شرایط و تحولات سیاسی پس از کناره گیری آقای خاتمی است و پس از تکمیل بررسی ها مواضع جدید انتخاباتی خود را اعلام خواهد نمود.
در همین حال حسین کاشفی سخنگوی حزب مشارکت با بیان اینکه «جبهه مشارکت هنوز در مورد کاندیدای خود بر موضع قبلی است» به ایسنا گفت: ما کماکان موضع قطعی خود را حفظ خواهیم کرد تا زمینه ای برای بازگشت مجدد آقای خاتمی فراهم شود. وی اضافه کرد: انصراف آقای خاتمی نگرانی هایی را در هواداران ایشان ایجاد کرده است. آقای خاتمی می توانست بخش خاموش جامعه را نیز پای صندوق های رأی بیاورند.
از سوی دیگر محمدعلی ابطحی عضو مجمع روحانیون به مهر گفت: در انتخابات ریاست جمهوری قطعاً آراء اصلاح طلبان بین کروبی و موسوی تقسیم خواهد شد. وی درباره موضع جدید مجمع روحانیون گفت: مجمع روحانیون دوشنبه شب فقط نسبت به مخالفت با انصراف خاتمی جلسه داشت و هنوز درباره گزینه بعدی وارد بحث نشده است.
به گزارش منابع خبری از جمله یاری نیوز در جلسه دوشنبه شب مجمع روحانیون خاتمی دلایل انصراف خود از انتخابات را توضیح داد و اعضای مجمع هم در مورد انصراف ایشان بحث و گفتگو کردند و در پایان با رأی گیری، اعضای مجمع بر ادامه حضور آقای خاتمی در عرصه انتخابات تأکید کردند.